如果三方协议中规定的违约金高于5000,一般来说,违约方需要按照协议约定支付违约金。如果违约方不支付,则履行方可以向法院提起诉讼,要求强制执行违约金的支付。另外,违约方也可与履行方协商,看是否可以减少违约金或者以其他方式解决。但是务必注意,违约金是协议中约定的重要内容,一旦签署即具有法律效力,违反协议可能面临更大的法律风险。