申通快递停运的主要原因是公司内部管理不善、资金链断裂,导致员工工资等待时间过长,员工不满情绪高涨,甚至导致罢工和停工。同时,公司还存在财务问题和债务纠纷,加剧了公司资金困难的局面。由于运营困难,申通快递被迫暂停运营,影响了大量快递业务的正常进行。