选择考研方向应该根据个人兴趣和未来发展方向来决定。重庆邮电大学的自动化专业在国内享有很高的声誉，侧重于信息与通信领域的自动化技术研究，适合对通信技术、人工智能等方面感兴趣的同学选择。而杭州电子科技大学的自动化专业则更侧重于控制理论、机器人技术等方面的研究，适合对控制工程、智能制造等领域感兴趣的同学选择。因此，可以根据个人的兴趣和发展方向来选择考研的学校和专业。
